Indicado pelo Governo para chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas (CEMFGA), o General José Nunes da Fonseca nasceu em Mafra, em 1961. Filho de um sargento, cedo ingressou nos Pupilos do Exército. Por isso, quando em 1979 entrou na Academia Militar, já tinha tarimba e não foi lhe difícil destacar-se, sendo o melhor aluno do curso. Quem o conhece afirma que é mais um estudioso do que um operacional. Como aliás revela o seu currículo: licenciou-se em Ciências Militares (Engenharia) e fez o mestrado em Engenharia Militar.
Operacionalmente, são-lhe conhecidas apenas duas missões: a primeira na SFOR (Força de Estabilização NATO), na Bósnia-Herzegovina, em 1998/99, como oficial de Operações no Quartel-General da Divisão Multinacional Sudeste, e a segunda na KFOR (Força NATO no Kosovo), no 1.º semestre de 2011, como general comandante da Força Logística (Joint Logistics Support Group) da operação.
De regresso a Portugal, o resto da carreira resumiu-se a um longo percurso na GNR. Desempenhou funções enquanto comandante da Unidade de Controlo Costeiro entre 2013 e 2017, até o nomearem chefe do Estado Maior do Exército, sendo que a única reestruturação que lhe é atribuída foi a da transformação das fardas da tropa. Um general dos seus tempos da Academia traça-lhe o perfil: «Não é uma pessoa de rasgo, de mexer com o status quo e não motiva os seus subordinados». Um outro compagnon de route é da mesma opinião: «Não tem inteligência emocional, é fraco na liderança. Aposto que não é o homem que António Costa queria no lugar, mas teve de engolir a sugestão do Presidente da República porque está muito fragilizado politicamente». «Isso ficou claro quando, em 2021, quando o Presidente decretou a renovação do seu mandato». Aliás, é voz corrente que «quem mandava no exército era o vice-almirante Guerra Pereira». Este foi constituído arguido, pelo Ministério Público, por suspeita de encobrimento de um furto de armas ocorrido há quatro anos no seio do corpo expedicionário português integrado na missão internacional da ONU para manutenção de paz na República Centro-Africana (RCA) – soube o Nascer do SOL de fonte militar. O furto de armas do destacamento do Exército português, um conjunto de pistolas Walther de 9mm (só usadas por forças policiais e militares e que atingem valores elevados no mercado negro), ocorreu em janeiro de 2019 num campo da MINUSCA (Missão Multidimensional Integrada das Nações Unidas para a Estabilização da República Centro-Africana). E não foi caso único: também noutra missão dos paraquedistas naquele país desapareceram armas sem que ninguém tenha sido responsabilizado pelo CEME.
Mas o que mais provoca assombro no meio militar é o facto de o primeiro-ministro ir buscar para CEMGFA um homem que se opôs à reforma governamental da estrutura superior das Forças Armadas, aprovada em Conselho de Ministros. Nunes da Fonseca chegou mesmo a afirmar, em audiência parlamentar, que existiam «inconsistências, colisões de competências, lapsos e omissões». Contudo, agora vai ter de pôr em marcha a reestruturação.
