A rua do Arsenal deve o seu nome ao Arsenal da Marinha, ali situado, herdeiro do Arsenal da Ribeira das Naus de D. Manuel, e onde foram construídos sucessivos navios até ao século XX.
Um dos mais recentes seria o cruzador Rainha D. Amélia, em 1901, já com o casco em aço. A 1 de fevereiro de 1908 a família real regressava de Vila Viçosa e dirigia-se para as Necessidades numa carruagem aberta quando foi surpreendida por tiros precisamente na Rua do Arsenal. O Rei D. Carlos e o príncipe herdeiro Luís Filipe não sobreviveram.
Embora o estaleiro tenha sido transferido para o Alfeite em 1917, as instalações do antigo Arsenal ainda pertencem ao Ministério da Marinha e a rua continua a ter negócios – nomeadamente de bacalhau – relacionados com a atividade marítima.
